La secuenciación de muestras de efluentes sugiere que la variante omicron pudo haber llegado a la ciudad de Nueva York el 21 de noviembre, cuatro días antes de que se informaran los primeros casos en Sudáfrica.
Analizar los efluentes en busca de virus puede producir un panorama epidemiológico imparcial de toda una comunidad
Desde principios de la pandemia, la epidemiología basada en efluentes (WBE, por sus siglas en inglés), también conocida como vigilancia de alcantarillado, se ha utilizado para rastrear el COVID-19. Es una técnica que detecta sustancias químicas o patógenos en una población al monitorear efluentes municipales, y tiene una clara ventaja sobre las pruebas individuales ya que no está sujeta al mismo sesgo de muestreo. Casi todos contribuyen con muestras diarias.
El ARN del SARS-CoV-2 se puede detectar en los desechos humanos entre unos días y una semana antes de la aparición de los síntomas. De hecho, con el reciente brote de omicron, estamos viendo que WBE ha detectado la llegada de la variante significativamente antes de que los funcionarios de salud pública se dieran cuenta de su presencia. También está ayudando a los epidemiólogos a predecir el curso de los brotes actuales.
Omicron Llegó Mucho Antes de la Detección
La secuenciación de muestras de efluentes sugiere que la variante omicron pudo haber llegado a la ciudad de Nueva York el 21 de noviembre. Eso es cuatro días antes de que los científicos anunciaran los primeros casos de omicron en Sudáfrica, donde se informó por primera vez la variante y 10 días antes del primer caso reportado en los Estados Unidos.
Saber que se avecina un brote puede ayudar a los funcionarios de salud pública y a los centros médicos a prepararse. Sin embargo, con el estudio en Nueva York, hubo un retraso entre la recolección de muestras de efluentes y el retorno de los resultados de la secuenciación clínica, que regresaron demasiado tarde para actuar como una advertencia anticipada.
Por otro lado, los investigadores en Texas, California y Colorado estuvieron entre los primeros en reportar omicron en los EE.UU. aproximadamente al mismo tiempo que el omicron se abría camino en las alcantarillas de Nueva York.
Para hacer de WBE una herramienta de alerta temprana más útil, los investigadores de California aumentaron los intervalos de prueba y utilizaron el método de prueba de reacción en cadena de la polimerasa (PCR) más rápido para acortar el tiempo de respuesta para los resultados. El programa de pruebas en California también puede identificar el ARN omicron en efluentes incluso si solo una o dos de las 100.000 personas atendidas por el sistema de alcantarillado están infectadas.
Dentro las pocas semanas de las detecciones iniciales, se había detectado ARN de omicron en muestras de efluentes de Missouri, Florida, Idaho, Kentucky y Vermont. En menos de un mes, omicron se había extendido a todos los estados.
Predicción de Brotes y Oleadas Con Epidemiología Basada en Efluentes
La WBE puede servir no solo como un sistema de alerta temprana de bajo costo para identificar nuevos brotes, sino que también puede rastrear tendencias, aumentos repentinos y prevalencia de infecciones durante los brotes en curso.
A mediados de enero de 2022, los datos de la WBE mostraban que omicron estaba disminuyendo en muchas ciudades grandes, mientras que continuaba aumentando en muchas comunidades más pequeñas. El ARN variante de Omicron estaba en declive en el área de Boston, la ciudad de Nueva York, Denver, San Diego y Saint Paul, entre otras ciudades, mientras que los niveles en Ohio, Utah, Florida y gran parte de las zonas rurales de Missouri seguían aumentando.
Amy Kirby, líder del programa del Sistema Nacional de Vigilancia de Efluentes, explicó lo siguiente:
La vigilancia de efluentes es una herramienta realmente poderosa, y estamos viendo realmente un buen ejemplo de eso con Omicron. No es solo una señal de advertencia temprana, sino que también es útil para monitorear la trayectoria completa de una oleada.
Sin embargo, los programas WBE de EE.UU. aún permanecen ampliamente dispersos y carecen de coordinación, y no existe un panel público centralizado para recopilar y mostrar datos de efluentes a nivel nacional.
Los expertos señalan el sistema nacional de vigilancia de efluentes de los Países Bajos y el tablero público como un modelo a emular en el futuro. Con muestras tomadas en más de 300 plantas de tratamiento de efluentes en todo el país, los brotes localizados se pueden detectar temprano. Este enfoque puede conducir a una mejor toma de decisiones a medida que surgen nuevas variantes.
